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江户时代使用的就是和今天一样的忍者。
日本古代战国时期就如同早期中国的春秋战国时期一样，处于城邦分立各自为政的状态，到处都是兵荒马乱和充满血腥残酷的杀戮及无情的战火，而这些争权夺利互相斗争的诸侯及军阀们非常的迫切需要培养一批专业化的渗透部队能快速潜入敌后进行侦查、刺探、暗杀、扰乱及破坏等的间谍任务，忍者就是在这样充满动乱的险恶大环境中诞生出来的。
其实，忍者原本只是一种对于忍术修炼者的称呼，而某些自成派系的忍术修炼者本身就拥有众多门下弟子，这些忍术修炼者自己本身或门下弟子私底下就利用自己所习得的忍术培养了属于个人所拥有的专属私人部队，然后开始以企业化及军事化的经营理念方式管理。时而得受予金钱成为职业杀手雇佣兵，也时而受雇于政府单位部门执行敌后任务。
等到后来，因为政府单位以投资报酬率及投资风险的角度眼光去分析及评估发现忍者的战略价值、任务效率以及忠诚度高于一般的间谍及杀手。所以忍者到后期就逐渐受到政府单位的重视，也因此开始有了属于政府官方的专属忍者部队。
忍者与间谍一样都是属特种作战层级的组织。但忍者不一样的地方就是除了本质学能上要受一般的间谍基本训练外，其最为不同之处在于多了一项就是忍术的训练，也可以说忍者就是拥有忍术技法之特战层级的单位所培养出来的终极战士，其任务形态更为复杂，更加不单纯，比一般间谍层次更高。
江户时代是忍者这一名称正式确立的时期，同时也是日本在德川家族统治下和平时期的开始，这导致忍者失去了活动的舞台。作用越来越小，终至于淡出人们的视野，许多忍术也因而失传，其中关于忍者活动的最后记载是1637年的岛原之乱，忍者作为幕府的部下参与了这场战斗。
忍者的工作主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。
忍者在世时必须隐姓埋名，与黑暗为伍，也不能留下只言片语，以免日后东窗事发，因此关于忍者的历史记录寥寥无几，只发现忍术秘本中记录了圣德太子身边的一位忍者。忍者的起源也成为一个历史难题。
日本各地虽有无以计数的忍术流派，但追根究底忍术的源头都要上溯到伊贺、甲贺两地，两者祖出同缘。多有亲戚关系，但若彼此的主君却处于敌对关系，他们便不得不同室操戈、兄弟阋墙。
忍者世界中，有四项基本戒律，一是不准滥用忍术，只能用在公事上；二是舍弃一切自尊，逃命要紧；三是必须守口如瓶，即便为此失去性命；四是绝对不能泄露身份，这条最为根本。
许多人印象中总以为忍者每次出任务都是以黑衣蒙面的姿态出现。其实是受到武侠小说和电影的物像化影响，这种黑色的衣服也并不一定总是所谓的忍者制服。
事实上古代日本的老百姓在工作时也经常穿著这种黑色的工作衣。那是一种日本古代的工作衣，而当忍者在暗夜人静时能方便执行任务上的隐秘需求。才特别穿著这种染黑的工作衣，而在工作衣上有特别的一些修改，以符合任务及作战上的需求。
真正的忍者经常在出任务时不会像小说和电影所叙述的总是以黑衣蒙面的姿态出现，而是要经常化妆成各式各样的社会人士或各行各业的角色混入一般人群之中，作为自我身份的掩饰，某些忍者跟现代的情报员、特务的形态类似或一样。
在行动的时候，忍者通常在新月或阴天夜晚潜入敌方城楼与宅邸，如果总是全身黑色装束轮廓反而会更显突出，因此经常的基本装束颜色是深蓝，而碰到月明星稀的夜晚便换成灰色或是茶色装束。
至于内裤当然是日本传统的兜裆布，只是忍者的束法同一般人不同，长度也比较长，他们将兜裆布从脖子缠到胯下，最后绑在腰际，如此可以随时从脖子后抽出兜裆布当做绷带或绳子应急。
忍者装束的上衣里头有许多口袋，放一些不能淋湿的火药、缝衣针、救急药、安眠药、毒药等，腰带里头则放一些日用杂物，而手套与绑腿则通常藏着一些暗器。
为了蒙混国境关卡守关人员的审问，忍者在旅途中经常是农夫打扮，因此有些忍者暗器经常是改造自农具、日常必需用品、园丁道具等，这些武器大多是自己发明铸造，也只有自己深知其用法，因而在旁人眼里看来跟一般日用品没什么分别，这也是很多忍者武器失传的主要原因之一。
忍者的武器很多都是来自日常的农具，而且用法和外形都非常古怪，根据历史描述，忍者经常使用尾部栓有铁链的镰刀，平时作战时可以握着镰刀柄近身作战，也可以利用铁链将镰刀甩出刺杀对手，并利用铁链收回。
在体型方面，由于忍者在做任务的时候经常要隐身在天花板上、地板下，甚至悬挂在树上、屋内支柱上，就需要只用双手支撑自己的体重，因此有人说忍者必须注意不让自己的体重超过六十公斤，以人的臂力来讲能够只手悬空与敌方打斗的上限体重是六十公斤。
在后世
