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南宋淳佑六年，一个孩子出生在一个村镇，他的名字叫宋慈。可是因为他的母亲在棺材中生的他，所以村民视他为不祥人只能靠打更维生。好友查灿在他三十岁生日生日那天特意弄了红鸡蛋给他，宋慈感动。
第二天，宋慈要求村长按乡例三十男丁分田两亩给他。
村长笑道：“宋家族谱上面根本没有你的名字，你有什么资格分地？”
宋慈质问道：“怎么没有？”
村长道：“那族谱来。”
宋慈无赖的道：“真的没有我的名字。”
村长嘲笑道：“你是棺材子，根本没有资格我的宋家的后人。”
宋慈听后很愤怒忿然告官，好友薛丹来作证人，可惜他非宋家族人且比宋慈年轻三年而无效，县官判宋慈败诉并将二人杖打。
村长得知米店老板宋诚之子宋翊将回桃园镇出任知县，村长乘机讨好，并挖去宋慈母坟建迎官亭，宋慈怒找村长理论。二人纠缠间，偷唐思来到找寻遗失的白玉兔，宋诚夫妇刚巧经过，误以为宋慈与唐思一起殴打村长。
其后村长被发现伏尸溪边，宋慈与唐思被控谋杀判斩首，二人押往大牢途中。九天之上的龙凝云见不过，道：“这些凡夫俗子，那我就帮七哥一下。天雷共鸣，圣魂归位。”之间天空之中一道惊雷击中宋慈，接过仵作判定宋慈死了并送往义庄安葬。打理义庄的马贵发现宋慈未死，立马将宋慈救醒了。
马贵：“你可以走了。”
宋慈好奇的问道：“我真的可以走了？”
马贵道：“走吧。”
宋慈想想道：“我想一想，我还是不能走，大叔。他们我打死了村长，虽然我没被雷劈死，但是被抓到还不是把我去砍头。我不能出去，大叔。”
马贵却：“村长又不是你打死的。”
宋慈连忙问道：“村长不是我打死的？大叔，那他是怎么死的”
可是马贵冷冷的了句：“管我什么事？”然后便走了。
宋慈一直跟到马贵的住处，可是马贵把门关了起来。可是不一会宋慈听到了马贵惨叫起来，宋慈连忙破门进去了。宋慈进去后发现马贵被传染了瘟疫，宋慈冒死帮马贵抓药。马贵见宋慈救了自己一命，答应收留他，二人从村长脚上发现有个钉孔伤口，估计村长中毒而死，此时村长夫人来到，要取回尸体。
村长夫人领回村长尸体安葬。薛丹和灿到义庄拜祭宋慈，赫然发现他仍在生，欣喜若狂。宋慈悄悄割下村长脚底伤口皮肤，马贵指村长中了破伤风毒致死，薛丹提议待宋翊履任时拦途申冤。宋翊接到状词，询问捕头聂人龙意见，人龙指出疑，二人遂跟踪薛丹到义庄，知宋慈未死。宋慈建议再验尸，宋翊接纳。宋翊到狱中向唐思问话，又会为她翻案，唐思大喜。
宋慈与聂人龙合作扮鬼吓村长夫人，差被聂枫搞砸。聂枫重遇儿时玩伴宋翊，但宋翊却似不认得她。宋翊往找村长夫人，夫人一听到宋慈名字即答应开棺验尸。聂枫在亡母坟前诉因百变飞狐被格去女捕头一职，只好回来找父人龙。她途经义庄时见宋慈，揭穿他扮鬼，押他回衙门。
众人在村长坟前见到宋慈，均吓一跳，村长夫人恍然被宋慈及宋翊整蛊，反对开棺，宋翊坚持开棺，但看到村长尸体即一愕，原来村长尸体已化成白骨，无从验尸。宋慈再被收押候刑，唐思指宋翊骗她。聂枫自知害了宋慈，亲自送来最后晚餐，宋慈吃后双唇肿胀，马贵见状若将村长骸骨蒸煮，可为宋慈翻案。
宋慈与唐思在狱中互诉辛酸身世，宋慈同情地要娶她为妻，好让她在阴间有人照护，唐思心头一暖，与他就地拜堂。大刀快斩下的一刻，村长夫人大叫“刀下留人。”同意煮村长骸骨，以确定是否中毒。
马贵找来一个翁，在里面放进水煮开。然后对宋翊道：“大人，可以放村长的骸骨了。”
宋翊道：“为求公正起见，有劳张大人下骨。”
前任知县张大人将村长的骸骨，逐一放进开水之中。当开水煮成了血色之后，马贵捞起一碗给捉住的老鼠喝。并道：“现在把煮过的给老鼠喝，如果老鼠中毒而死，则明村长的骨头有毒。”接过老鼠喝了后，就死掉了。
这时前任知县道：“这只能明水中有毒，但不能明一定是破伤风之毒。”
宋翊立马道：“张大人道有理，我已经请朱大夫制作了解破伤风的解药。”
马贵接过朱大夫做的药，然后给另一只老鼠先喝了解药。结果这只老鼠喝了毒水之后，一事也没有。
宋慈虽然获救了，但是更夫工作丢了。惟有义务帮马贵工作，从中学习验尸。唐思与宋慈互相躲避对方，原来怕对方提起狱中拜堂一事，最后双方协议拜堂一事作废。唐思被赌场打手追债，连本带利共二百多两，唐思无计可施下偷了灿妻宋玲身上银两，灿追捕被她逃脱。
马贵有感宋慈对验尸有天分，婉拒宋翊邀请他当仵作后推荐宋慈担任，宋翊一怔。宋慈见工失败，沮丧不已，灿安慰他。宋诚当上新村长，大派烧肉。宋翊见宋慈
